Vài trăm năm trước khi những người di cư từ châu Âu đến, khu vực xung quanh thành phố Austin hiện nay được cư ngụ bởi một tập hợp những người Mỹ bản địa Tonkawa, Comanche và Lipan Apache, đánh cá và săn bắn dọc theo các con suối nhỏ, bao gồm cả suối Barton ngày nay.

Những định cư đầu tiên được ghi lại ở khu vực Austin ngày nay xảy ra vào năm 1835. Người di cư Mỹ gốc Anh bắt đầu đến khu vực này, khi Texas vẫn còn là một phần của México. Họ thành lập làng Waterloo vào năm 1837, dọc theo hai bờ sông Colorado[4]. Theo dân gian, Stephen F. Austin, "cha đẻ của Texas", đã thương lượng một hiệp ước hòa bình với những người bản địa tại địa điểm mà ngày hôm nay là Treaty Oak sau khi một số người di cư bị giết trong một trận càn quét. Theo dân gian, Austin cũng thương lượng một hiệp ước về biên giới với người bản địa để thiết lập biên giới của thành phố.

Waterloo được chọn để trở thành thủ phủ của Cộng hòa Texas vừa thành lập vào năm 1839 và được mua bởi nước cộng hòa cho mục đích đó. Mirabeau B. Lamar đặt lại tên thành phố để vinh danh Stephen F. Austin[5]. Tên gốc của thành phố được nhớ đến bởi những thương gia địa phương như là Quán kem Waterloo và Waterloo Records.